رئيس مجلس الادارة هو رئيس الهيئة، يتولى السلطة التنفيذية فيها بصفته مديرا عاما لها وفقا لاحكام القانون والانظمة المرعية الراعية لعمل الهيئة وهو الرئيس التسلسلي لجميع الوحدات التابعة لها ولجميع العاملين فيها،
ويقوم بالمهام التالية:
1 - تمثيل الهيئة امام جميع المراجع الادارية والقضائية وله بهذه الصفة صلاحية توكيل المحامين للمرافعة والمدافعة عن الهيئة في القضايا والنزاعات العالقة بينها وبين الغير.
2 - ادارة ومراقبة اعمال الهيئة والتنسيق بين مختلف اجهزتها والوحدات الادارية والفنية والمالية التي تتألف منها.
3 - السهر على حسن تطبيق قانون انشاء الهيئة والانظمة الراعية لعملها.
4 - السهر على حسن استعمال الاموال والتجهيزات والمواد العائدة للهيئة.
5 - تقديم الاقتراحات والدراسات واعداد المشاريع وتحضير المستندات المتعلقة باهداف الهيئة.
6 - الدعوة الى اجتماعات المجلس ووضع جدول الاعمال وترؤس الجلسات وادارة المناقشات.
7 - عقد النفقات والاتفاقيات ضمن الشروط المحددة في النظام المالي للهيئة.
8 - تأليف لجان اجراء المناقصات والمزايدات.
9 - تعيين المستخدمين في الهيئة واقرار مبدأ التعاقد مع اشخاص ذوي خبرة او استخدام اجراء دائمين او مؤقتين، وذلك وفقا للاصول المحددة في القوانين والانظمة المتعلقة بشروط تعيين المستخدمين والمتعاقدين في "الهيئة".
10 - تحديد اوقات العمل في الهيئة ودوام المستخدمين والعاملين وتحديد جداول المناوبة خارج الدوام عند الاقتضاء.
11 - الاشراف على سير برامج العمل التفصيلية واتخاذ القرارات والتدابير اللازمة لحسن سير العمل وتطويره.
12 - اقرار المشاركة في الانشطة والمؤتمرات والمعارض.
13 - تنفيذ مقررات مجلس الادارة.
14 - توقيع عقود بناء المنطقة وتجهيزها وعقود تشغيل المنطقة واستثمارها، ومراقبة اعمال المشغلين بما فيها اعمال التخطيط والتجهيز والتنفيذ والتشغيل.
15 - الاشراف على حسن اداء الخدمات الواجب توفيرها للمستفيدين في المنطقة.
16 - تأمين التنسيق مع الادارات العامة والمؤسسات العامة وسائر الاشخاص المعنيين باوضاع المنطقة عند الاقتضاء.
17 - الموافقة على طلبات الترخيص بالمشاريع الاستثمارية.
18 - منح تراخيص العمل للاجانب في المنطقة الاقتصادية الخاصة.
19 - منح التراخيص العائدة للمشاريع الاستثمارية المرخص بها في المنطقة وفق احكام المادة التاسعة من القانون.
يجوز للرئيس تفويض بعض صلاحياته لمدة محددة الى مرؤوسيه باستثناء تلك العائدة له بصفته رئيسا لمجلس الادارة.