يتولى قسم تحليل المخاطر ومعايير اختيار الملفات:
1ـ تحليل المخاطر واختيار الملفات للتدقيق لجهة:
ـ دراسة المخاطر وفقا لفئات الخاضعين وأنشطتهم.
ـ تحديد معايير اختيار الملفات للتدقيق وفقا لمراتب المخاطر.
ـ تحديد المصادر المختلفة للمعلومات ونوعها.
ـ تصنيف عمليات التدقيق (درجة الالتزام الضريبي، التحصيل، التدقيق المكتبي، الملفات الكبيرة، التدقيق الميداني...) وتوثيقها.
2ـ أبحاث درجات الالتزام الضريبي لجهة:
ـ الاشراف على ابحاث وتحاليل درجات الالتزام بالضريبة.
ـ تقديم التوصيات والمساهمة في وضع برنامج التدقيق السنوي.
ـ تحليل قواعد المعلومات الداخلية والخارجية والمؤشرات الأخرى التي قد تدل على عدم الالتزام بالضريبة كليا أو جزئيا.
ـ اعداد توصيات حول حاجات التدريب على أعمال التدقيق في المطارح ذات المخاطر العالية.